民国三十六年（1947年）12月，崔村地区属昌顺县三、四区。
1949年4月，昌顺县分为昌平、顺义2县，属昌平县三、四区。
1950年，崔村地区除八家村与西峪村合并为西峪村外，其他村都以自然村成立村政府。
1953年7月，村政府改制为小乡。
1956年2月24日，昌平县划归北京市，改昌平区，小乡合并为崔村乡，南庄村划归兴寿乡。
崔村乡属昌平区第四小区，驻小汤山。
1958年9月，由崔村乡等3乡合并为东风人民公社。
12月，东风、红旗2公社合并为小汤山公社，下设10个工作站，崔村地区属崔村工作站。
1961年2月5日，崔村工作站从小汤山公社析出，成立崔村人民公社，驻西崔村。
1963年2月14日，南庄村并入崔村公社。
同年，驻地迁至东崔村。
1982年12月，复建崔村乡，辖12行政村不变。
1997年12月5日，崔村乡改镇。
1999年12月，昌平县改区，崔村镇隶属昌平区。