民国二十九年(1940年),十三陵地区属昌延联合县第三区。
民国三十四年(1945年),十三陵地区属昌平县一区、二区。
民国三十七年(1948年),十三陵地区属昌顺县第一区。
1949年4月,十三陵地区分属昌平县一区、二区。
1950年3月,十三陵地区属一区、九区。
1953年7月,十三陵地区建区辖乡。
1956年3月,撤区并乡,称长陵乡。
1958年8月,为十三陵人民公社,驻长陵村,乡改为工作站。
1959年7月,十三陵地区建十三陵农场,属北京市农场局,驻北新村。
10月,十三陵农场、长陵工作站、黑山寨工作站合并成立十三陵人民公社(农场),驻长陵村。
1961年5月,十三陵地区建泰陵园、长陵和泰陵3公社。
1963年2月,泰陵园人民公社与十三陵农场合并为十三陵人民公社(农场),驻胡庄。
1966年5月,泰陵公社并入长陵公社。
1982年12月,长陵公社改乡。
1997年12月,长陵乡改镇。
1998年9月,十三陵农场划归昌平县,改十三陵乡。
1999年12月,十三陵乡改镇。
2024年9月,长陵镇22个村并入,形成现今辖区。
山黄杏又名金玉杏,原产于十三陵镇果庄村,是传统的农家品种。在十三陵镇果庄、德胜口两个山区村,栽培已有上百年的历史。目前,栽培面积近3000亩,产量100万公斤。由于其果大、肉厚、味酸甜,既可鲜食又宜加
十三陵镇樱桃面积1000多亩,这里生产的樱桃因果大、皮薄、核小、肉嫩、味美、色泽艳丽,已成为远近闻名的特产名果。该甜樱桃因上市早,果个大,果肉丰满,营养丰富,丰富淡季果品市场,深受广大消费者的欢迎。
<