北臧村镇相传元时村中有古刹浮屠寺，以行善为本，故以臧村为名，意即“善人之居”。清光绪年间称西藏村，后改今名。明、清属顺天府宛平县。
1991年为乡建制。位于大兴县西南部，距黄村西南7.5公里处。乡域面积60平方公里。东隔京开公路与天堂河农场相望；西隔永定河与房山区相望；南与庞各庄镇、定福庄乡接壤；北与黄村镇、芦城乡为邻。辖23个行政村。有5390户21505人。1997年底，辖23个行政村。有5114户，16715人。2000年合乡并镇，撤销北臧村乡建制，设立北臧村镇。境域面积及四至未变。2004年，镇政府由原北臧村搬至北京生物工程与医药产业基地天富大街10号院。
至2010年，镇辖总面积60平方公里。辖23个行政村。户籍人口19075人，流动人口14205人。中关村科技园区大兴生物工程与医药产业基地坐落在镇域内。