金天德三年（1151），于潞县治设州，取“漕运通济”之意称通州，潞县属之。
元升漷阴县为州称漷州。
明洪武十三年（1380），漷州降为县，称漷县。
1914年改州为县，始称通县。
1948年底，通县全境解放，隶属通县专区。
1958年3月7日国务院批准，将河北省通县划归北京市。
1958年5月29日国务院批准，撤销通县和通州市，合并成立通州区。
1960年1月7日国务院批准，撤销通州区，恢复通县。
1997年4月29日，《国务院关于同意北京市撤销通县设立通州区的批复》国函〔1997〕30号，撤销通县，设立通州区。
2024年下辖17个街道乡镇。
2024年，下辖11个街道办事处，11个乡镇。