北宋乾德三年（965年），置云门镇，属合州石照县。
清雍正六年（1728年），属合州明月里。
民国二十年（1931年），属第五区。
民国二十一年（1932年），属第三区，为区公所驻地。
民国二十八年（1939年），云门镇与渠嘉乡合并设云渠镇。
民国三十年（1941年），云渠镇析设渠嘉乡，复为云门镇。
1949年12月下旬，属第四区，为区公所驻地。
1952年7月，云门镇析设建设、凉水乡。
1956年1月，建设、凉水乡合并成立云门乡。
1958年9月，云门镇与云门乡合并建云门公社。
1965年3月，云门公社析置云门镇。
1968年，云门公社改名卫东公社。
1972年，恢复云门公社原名。
1983年12月，云门公社改为云门乡。
1985年2月，云门乡并入云门镇。
1993年12月，渠嘉乡并入云门镇。
2001年6月，天星镇并入云门镇。
2005年4月，高龙镇并入云门镇。
2009年12月，撤云门镇设云门街道。