黔江早在60万年前“人猿揖别”后就有人类祖先活动的痕迹，其文明历史可以上溯到原始社会。
在夏朝属梁州，商周时期（含春秋战国）为古濮国、巴国属地，秦属巴郡南部地区，首次实现境内各民族人民大融合。
西汉沿袭，至武帝建元元年（公元前140年），在梁州巴郡置涪陵县（治所为今彭水自治县郁山镇，辖今酉阳秀山黔江彭水诸县和贵州东北部），这是黔江地域置县的开始。
元封五年，改梁州为益州，属益州刺史部。
东汉献帝建安六年（公元201年），将涪陵县分为涪陵、永（万）宁、汉葭、丹兴（因为盛产硃砂、水银而命名）4县，属涪陵郡，迄今已有1810年的单独建置史。
三国、两晋、南北朝时期沿用丹兴县名，县治一直在楠木坪（今城东街道）。
其间由于战乱，当地少数民族首领拥兵自保，中央政权失控200余年，致使郡县形同虚设。
北周保定四年（公元565年），涪陵郡少数民族首领田思鹤以全郡之地归顺中央王朝，在彭水置奉州（北周建德三年改名黔州），隋时丹兴县仍属黔州，隋开皇五年（公元585年）易丹兴县为石城县，改属庸州，州、县治所均设在县坝老场，黔江历史上两级机构（州、县）首度并存。
由于开皇末年在今酉阳、秀山区域设婺川县，使石城县地域相对狭窄，在隋大业三年（公元607年）被并入彭水县并隶巴东。
唐朝武德元年（公元618年），复置石城县，治所移至无慈城（今县坝老鹰关），属黔州。
不久改黔州为黔中郡，管辖彭水（今彭水汉葭镇）、洪杜（今酉阳龚滩镇）、洋水（今彭水龙洋）、永（万）宁（今武隆江口镇）和石城5县，唐贞观四年（公元630年），治所迁回楠木坪，唐天宝元年（公元742年），因石城县南部的万就（足）、鹿角等地连接黔江（今乌江），所以更名黔江县。
五代和宋朝前期属黔州，南宋绍定元年（公元1228年）黔州升为绍庆府，黔江县隶属于绍庆府，到明清时期属重庆府。
其间，明洪武五年（公元1372年）被并入彭水县，十一年（公元1378年）设立黔江守御千户所，十四年（公元1381年）复置黔江县，再次出现两级机构（所、县）并存的情况。
清雍正四年（公元1726年）称黔江厅，十二年（公元1734年）升为黔彭直隶厅，厅治设在黔江，辖黔江、彭水2县，后增辖酉阳县。
清乾隆元年（公元1736年）因“改土归流”而废厅复县，属于酉阳直隶州，此后一直沿用黔江县名。
公元1913年属于川东道（后改名东川道）；公元1935年后属于四川省第八行政督察区。
1949年11月12日黔江解放，同年11月25日成立黔江人民政府，隶酉阳专区。
1950年12月，黔酉两县调整“插花地”，互换酉阳插入黔江正谊乡的八、九、十村和黔江嵌入酉阳濯河乡的第三村，1951年6月，将县城单列为联合镇，同时从五里乡分置蓬东乡。
1952年7月，川东行政公署将酉阳县北部的七、八、九、十4区14乡（马喇、官庄、濯水、濯西、水市、联合、鹅池、学堂、砂石、太极、两河、龙田、犁弯、早化）划归到黔江县。
1953年属于涪陵专区或谓涪陵地区。
1983年11月撤销黔江县，建立黔江土家族苗族自治县。
1988年5月，增置四川省部分地区，属黔江地区。
1997年6月，重庆直辖市成立，黔江地区隶属重庆直辖市。
1998年，辙黔江地区，成立黔江开发区和黔江土家族苗族自治县，成立黔江县，为地厅级行政单位，直糁厍焓泄芟健?/p>
2000年6月撤销重庆市黔江开发区、黔江自治县，设立重庆市黔江区，行政正厅级。