明代此地无集市，人们均往邻近清溪县（现内江市东兴区石子镇）赶集。
据传曾有吴姓去清溪县赶集，因与当地人闹纠纷后，不让吴再去赶集。
吴姓即在此修建几间铺店，故取名“吴家铺"，后发展为集市。
古属巴蜀之地。
明嘉靖四十五年（1566年），荣昌县置4镇27里，境域属新桥里。
清乾隆至光绪时（1736年～1908年），荣昌县划分为4乡12里，吴家铺属北乡新桥里。
1919年，改吴家场为镇团局。
1930年，改为吴家镇公所，辖20个保。
1935年，荣昌县设置3区、29乡（镇），吴家属第二区，辖吴家、仁义、观胜、河包、盘龙、保华、天宝、界石、复兴、铜鼓。
1949年12月中旬，成立吴家区，改保为村。
1953年，吴家镇将第十六、十七两个村划给高坝乡；第十、十一、十二、3个村划给永兴乡，第七、八、九、十三、十四、十五、十八、十九、二十共9个村划给万古乡。
设立吴家镇、高坝乡、万古乡、永兴乡、吴家乡，吴家镇设3居民委员会。
1958年公社化时，永兴乡（现清流镇）、玉方乡和吴家镇合并，成立吴家人民公社。
1962年，从吴家公社分出部份建立代兴、永兴、高坝公社。
1993年，荣昌县撤区并乡建镇，吴家乡、高坝乡、代兴乡并入吴家镇，下辖18村。
1996年，清流镇荣江、玉芳、黄桷滩3村划回吴家镇。
2001年6月，十烈乡整体12村并入吴家镇，共没33村4居民委员会。
2007年，将33村调整合并为双流、高峰、含珠桥、玉峰、代兴5村和燕子坝、人和、十烈3社区。