唐圣历二年（699年）析长乐县南万安等8乡，置万安县；天宝元年（742年）改万安县为福唐县；五代后梁开平二年（908年）至后唐同光元年（923年）曾名永昌县；五代闽龙启元年（933年）更名福清县；元元贞二年（1296年）升为福清州；明洪武元年（1369年）复福清县。
隶属泉州、福州、长乐郡、长乐府、福州、福安府、福州路、福州府、闽海道。
1949年8月16日解放，历属闽侯专区、晋江专区、闽侯专区、莆田地区、福州市。
1956年平潭县的大扁岛，划归福清县管辖。
1958年从永泰县划出一都、善山、东山3个乡，归福清县管辖；同年实行人民公社化，全县成立6个公社。
1961年划为18个人民公社。
1983年划为21个人民公社。
1984年实行政社分开，各公社分别改为乡（镇），共设7个镇，14个乡。
1985年城关镇改称融城镇。
后陆续将14个乡改镇。
1990年撤县设省辖县级福清市，隶属福州市。
1992年撤销融城镇建制，设立融城街道办事处。
2005年撤销音西、阳下、宏路等3个镇和融城街道办事处建制，析出海口镇的祥丰、塘头、北店、柏渡、隆中、坊里、南宅、先强等8个村委会，整合设立玉屏、龙山、龙江、音西、宏路、石竹、阳下7个街道办事处。