金门的开发始于晋朝。
根据清代《金门志》的记载，晋代共有苏、陈、吴、蔡、吕、颜六姓家族因躲避战祸移居金门。
唐贞元十九年（803）设万安监于此饲养马匹。
五代闽龙启元年（933）属同安县。
宋属同安县翔风里，旧名浯洲。
明洪武二十年（1387）设守御千户所并筑城，取“金城汤池”之意名金门城，后延伸为岛名。
明末郑成功据此抗清，并于1661年自本岛料罗湾誓师东渡收复台湾。
清康熙十九年（1680）复属同安县。
乾隆四十年（1775）改属马巷厅。
辛亥革命后废厅属思明县。
1914年置金门县，属厦门道。
1928年直属福建省。
1934年属第五行政督察区。
1935年属第四行政督察区。
1937年被日军侵占，1945年光复。
1949年属第五行政督察区。
1950年属晋江专区。
1971年改属晋江地区。
1985年属泉州市。
暂由台湾当局管辖。