清流，古属黄连峒。
周、春秋末为闽越地。
秦属闽中郡。
汉属闽越。
东汉属会稽南郡。
三国属建安郡。
晋为新罗县，地属晋安郡。
隋开皇（581-600）并入邵武县。
唐开元二十六年（738），改属汀州府龙岩县。
后唐为长汀、宁化两县地，属汀州府。
五代初属闽王，后属南唐。
后晋属宁化麻仓里，设清流驿。
宋元符元年（1098），划宁化六团里、长汀二团里置清流县，属汀州府。
县治设坊郭里，后称城关。
绍定元年（1228），撤销县建置。
元至元八年（1271），恢复清流县建置，属汀州路。
明洪武元年（1368），汀州路改为汀州府，清流属汀州府。
清代属福建汀州府。
1912年属福建省西路道。
1914年，属汀樟道。
1931年属中央苏区。
1933年11月至1934年2月，十九路军将领蔡廷锴发动“福建事变”，成立中华共和国人民革命政府，及福建人民政府，将福建划为4个省，清流属龙漳省。
1934年3月后，属福建省第八行政督察专员公署。
1935年10月，属福建省第七行政督察区。
1946年属福建省第九行政督察区。
1947年7月，属福建省第六行政督察区。
1950年2月，属福建省人民政府永安专员公署。
全县设3区，辖42个乡镇。
1956年5月，并入龙岩专员公署。
1958年5月，撤区并乡，全县并为1镇15乡。
同年10月，各乡镇改称人民公社。
1959年2月，清流、宁化合并，称清宁县。
原清流县辖区设6个公社、8个管理区。
1961年6月，恢复清流县建置，属龙岩专员公署，设14个公社。
1963年5月，属三明专员公署。
1968年，属三明地区革命委员会。
1968年11月，成立清流县革命委员会，属三明地区管辖，设14个公社革命委员会。
1980年10月，清流县革命委员会改称清流县人民政府，属三明专员公署。
1982年3月，全县设14个公社镇管理委员会1个镇人民政府。
1983年4月至今，属三明市。