远在春秋战国时期，合作就是古西羌首领无戈爰剑建立羌族政权的北塞重镇。
中唐时期，西北游牧民族吐谷浑在北距合作80千米的枹罕地区建都立国，并开辟打通了历史上著名的西连西域、西藏和印度，南接中原和西蜀的“丝绸南路”。
清代以后，合作曾一度被称为“黑措”，系藏语音译，又称“羚城”，意为羚羊出没的地方。
清雍正朝时属兰州府循化厅管理下的南番二十一寨中的黑措寨。
清道光二十五年（1845），黑措四沟的藏族人民在当地土官洪布刚究、束奴突巴的率领下起义，失败后，黑措和美武被划入洮州厅辖区，中华民国时被划归夏河，编为夏河设治局第四区。
1953年，甘南藏族自治区（后改为州）成立时，就选定了四周岗阜罗列，低山环抱，地势平坦宽阔的沉积盆地黑措为州府驻地。
1954年，由甘肃省设计公司对城区建设作了初规划后，于1955年开始全面建设。
1956年5月，州人民委员会所属部分机关率先从夏河拉卜楞迁来此地办公，镇名亦同时改为合作。
1996年6月，经国务院批准，甘肃省人民政府正式通知设立合作市，经过一年的筹备，合作市于1998年1月1日正式挂牌运作。