据明朝万历四十三年（1615）编纂的《雷州府志》记载，今赤坎区境内，称赤坎埠，建有文章东村、文章西村，距县城20里。
清代，赤坎渐成繁华港埠，自然形成大通、福建、高州、潮州、南兴、药行等街区。
同时成立高州、潮州、雷阳、闽浙、广府5大会馆以及商务分会、同乡会、行业公会等民间组织，处理朝廷民间商务及朝廷行业之间的关系事宜。
清代，顺治十三年（1656），颁布了《禁海令》，至康熙三年（1664），清廷屡次“海禁”、“迁界”，赤坎埠几近废弃；康熙二十四年（1685），清廷宣布“开海贸易”，赤坎埠等10个港口设立贸易口岸；光绪二十六年（1900），清廷批准《广州湾租借条约》，租期99年。
从此，赤坎沦为法租借地，被划为广州湾“四区”之一；宣统三年（1911），广州湾颁布《东法总督改组广州湾行政及司法之命令》，废除区制，采用“代表制”；废麻斜市，设西营、赤坎市。
民国三十四年（1945），国民政府收回广州湾，设立湛江市，分置赤坎区公所，实行保甲制至1949年12月。
中华人民共和国成立后，于1950年11月，赤坎区人民政府(市政府派出机构)成立；1953年9月，湛江市撤销中共赤坎区，把东山、调顺、百姓3个乡划归湛江市潮满区管辖;撤销中山、海萍两个街道，成立赤坎中心街道；1958年1月，设赤坎办事处；1984年，经国务院批准设立赤坎区，为湛江市辖县级区。