东源县地域为原河源县主体。
南朝齐永明元年(483)从龙川析置河源,属南海郡。
唐肃宗乾元元年(758)属循州。
宋太祖开宝四年(971),属祯州。
明太祖洪武元年(1368),属惠州府。
清属惠州府。
1925年属东江行政区。
1949年属东江专区。
1953年属粤东行政区。
1956年属惠阳专区。
1959年属韶关专区。
1963年至1987年属惠阳地区。
1988年1月,经国务院批准,撤销河源县,设立河源市,原河源县分设河源市源城区和河源市郊区。
1993年11月8日,撤销河源市郊区,设立东源县。