秦始皇三十三年（214）建南海郡；秦末汉初属南越国；汉武帝元鼎六年(前111)置高要县。
此后南北朝梁天监六年(507)置高要郡；隋开皇九年(589)设端州，大业三年（607）改设信安郡；唐武德四年（621）复设端州，天宝元年（742）改端州为高要郡，至德三年（758）废高要郡，复置端州，仍以高要为治所；元符三年（1100）升端州为兴庆军；政和三年兴庆军升为兴庆府，政和八年(1118)改兴庆府为肇庆府，元至元十六年(1280)肇庆改“府”为“路”，置总管府，明洪武元年(1368)复称肇庆府；1912年，广东废府设绥靖处，现肇庆地域属肇罗绥靖处；1923年改称绥靖公署，肇庆属西区绥靖公署。
1925年肇庆属地改称西江行政区。
1932年春，改隶西北区绥靖委员会公署。
1935年设高要县肇市镇。
1940年改称肇庆镇。
1938年10月，设西江行署，1947年改称第四专署行政督察区。
1949年10月18日，高要县肇庆镇解放，11月20日，肇庆镇改为肇庆市（县级市）。
1950年3月，西江行政督察专员公署改称广东省西江区行政督察专员公署，肇庆市并入高要县改称城关区。
同年9月，广东省西江区行政督察专员公署改称广东省人民政府西江区专员公署，城关区改称肇庆镇。
1952年11月，撤销西江专区，所属县并入粤中行政区。
1956年1月，撤销粤中行政区，成立高要专区。
1958年4月，肇庆镇改为肇庆市（县级）；12月，肇庆市并入高要县，复称肇庆镇（县级）。
1958年12月，高要专区所辖各县与佛山专区管辖的新会、台山、开恩、高鹤4县及江门市（县级）合并，成立江门专区。
1961年10月，江门专区改称肇庆专区；肇庆镇从高要县划出改为县级肇庆市；1970年10月，肇庆专区改为肇庆地区。
1988年1月7日，撤销肇庆地区，将县级肇庆市升为地级市。
1994年4月，原属肇庆市的罗定市、云浮市、郁南县、新兴县划出，设置云浮地级市。
肇庆市辖端州、鼎湖2区和广宁、德庆、封开、怀集4县，代管四会、高要2市（县级）。
2024年4月，国务院批准高要市撤市设区，沿用至今。