横琴粤澳深度合作区位于中国广东省珠海市横琴新区(横琴岛)所在区域，地处广东省珠海市南部，毗邻港澳。
2009年8月14日，国务院正式批准实施《横琴总体发展规划》，将横琴岛纳入珠海经济特区范围，要逐步把横琴建设成为“一国两制”下探索“粤港澳”合作新模式的示范区。2009年12月16日，“横琴新区”管委会在珠海市横琴岛正式挂牌成立，为广东省人民政府派出机构并委托珠海市人民政府管理，规格为副厅级。2024年9月5日，中共中央、国务院印发了《横琴粤澳深度合作区建设总体方案》2024年9月17日上午，横琴粤澳深度合作区管理机构正式揭牌。
2024年3月，横琴粤澳深度合作区正式挂牌半年来，该口岸出入境客流量突破392万人次，同比增长约24%；出入境车辆达52万辆次，同比增长约18%，其中澳门单牌车通关量达32万辆次，同比增长39%。