秦时属象郡、桂林郡地。
两汉至晋时属潭中郡地。
南朝时属齐熙郡地。
隋时为始安郡义熙县地。
唐为融州地。
宋政和年（1054），在今老堡口置“三口砦（寨）”；崇宁四年（1105）改置怀远军，同年改为平州，后废州置怀远县，为辖境置县之始。
历南宋、元至明初，250多年间几经变更。
明洪武八年（1375）改置三江镇巡检司，洪武十三年（1380）复置怀远县，属柳州府。
明嘉靖年间（1522-1566）因农民起义，县治迁寄融县。
明万历十九年（1591），县治迁回丹洲。
1914年改为三江县。
1932年迁治古宜。
1949年12月三江县解放，隶属广西省柳州专区管辖。
1952年12月3日三江县通过建立县级三江侗族自治区的决议，由此确定每年12月3日为三江侗族自治县成立纪念日。
1953年4月23日，经政务院批准，三江县正式改为三江侗族自治区（县级），隶属由柳州专区更名的宜山专区。
1955年9月18日广西省人民委员会报国务院备案，三江侗族自治区（县级）改为三江侗族自治县。
1958年7月19日，经国务院批准，改属由宜山专区更名的柳州专区。
1971年属由柳州专区更名的柳州地区。
2002年9月29日，国务院批准（国函[2002]88号）原柳州地区的三江侗族自治县划归柳州市管辖。