汉为毋敛县地。
唐贞观三年(629)置石牛县，隶南寿州。
开元中叶废。
宋初置中平县，属南丹州。
大观四年(1110)废县，并入庆远府河池县。
元置独山州长官司，隶新添葛蛮安抚司，因境内独山得名。
明洪武十六年(1383)改置九名九姓独山州长官司，隶都匀卫。
二十三年于南境置丰宁长官司。
弘治七年(1494)改置独山州，隶都匀府。
1913年废州，改置独山县，隶黔中道。
1935年属第十一行政督察区，为专员公署驻地。
1937年属第二行政督察区。
1949年属独山专区，为专署驻地。
1952年专署迁都匀，改属都匀专区。
1956年属黔南布依族苗族自治州。
1958年荔波县及平塘县曹渡河以东地并入。
1961年荔波、平塘2县地析出设立独山县至今。