唐武德三年(620)于今县东南置婆览县，属应州。
贞观三年(629)置都尚县，治上江，为应州治。
元至元二十八年(1291)置定云府，治今烂土;又置合江州、陈蒙州属之。
明洪武十六年(1383)置合江陈蒙烂土长官司，隶都云定云安抚司。
二十三年后改隶都匀卫及独山州。
弘治七年(1494)于唐都尚县故地设来牛寨，属都匀府。
清雍正八年(1730)于来牛寨置都江厅(今都江镇)。
十年于三脚设独山州同。
乾隆八年(1743)改为三脚屯理苗州。
1913年废都江厅置都江县，改三脚屯理苗州置三合县，属黔中道。
1935年属第十一行政督察区。
1937年属第二行政督察区。
1941年三合、都江2县合并，各取一字名三都县。
1949年属独山专区。
1952年属都匀专区。
1956年撤县置三都水族自治县，划荔波、独山、榕江、都匀4县的2个区、7乡地入辖，属黔南布依族苗族自治州。
1957年1月2日，三都水族自治县正式成立，县治设三合镇，隶属黔南布依族苗族自治州至今。