夏商春秋时为鳛国地。
战国后期属巴郡符县。
秦隶巴郡、蜀郡。
西汉属犍为郡符县（治今四川合江县）。
东汉为鳛部地。
魏晋属江阳郡符县。
隋属泸川郡合江县。
唐贞观十六年（642）中东部属溱州，仪凤二年（677）分属淅州（治今四川淅川县）、蔺州（治今四川古蔺县）。
北宋大观三年（1109）属滋州。
南宋宣和三年(1121)废州，改为武都城。
元属古滋长官司。
明洪武四年（1371）属永宁长官司。
明万历二十九年（1601）属仁怀县。
清道光二十年（1840）遵义府经移驻温水，称温水府经。
1914年设温水分县，属赤水县兼管。
1915年设鳛水县，县衙驻温水，隶黔中道。
因辖境有鳛水河，故以此为县名。
翌年（1916）县衙迁驻官渡（今赤水市官渡镇）。
1935年属第五行政督察区。
1949年属遵义专区。
1950年县人民政府迁温水，1951年4月迁东皇。
1959年改鳛水县为習水县。
1964年简化为习水县。
1965年12月析长沙、官渡2区归赤水县，划赤水县土城、醒民、隆兴3区及仁怀县永安、桑木、回龙3区入辖。
1990年属遵义地区。
1997年，属遵义市。
2024年，全县由23个乡（镇）设为4个街道20镇2乡，政府驻地变更至杉王街道。