早在宋代，博鳌就有疍家人居住和繁衍生息。
宋天圣元年（1023年），疍家人集资在博鳌建起三江庙，此时在此居住的疍家人已有一定数量和规模。
博鳌镇因滨博鳌港而得名。
明初称博鳌浦乡，明末改称博鳌乡，居者为疍民。
清袭明制，沿称至中华民国十八年（1929年）。
民国十九年（1930年），撤销博鳌乡，划归乐会县首善镇（民国三十六年改称附城镇）管辖。
1950年7月，博鳌属乐会县二区（乐城）管辖。
1955年6月，设立博鳌乡，属乐城区管辖。
1958年10月，撤销博鳌乡，划归朝阳公社管辖。
1958年12月1日，乐会、琼东县合并为琼海县。
1961年3月，从朝阳公社分出设立博鳌公社。
1983年9月，改称博鳌区，下辖博鳌、东海、东屿、田埇、珠联、朝烈等6个乡。
1987年，博鳌区改为博鳌镇，下辖6个乡改为6个行政村。
2003年，撤销九曲江乡的北山、北岸、沙美、培兰等4个行政村与朝阳乡、博鳌镇合并，设立博鳌镇，镇政府驻地在原博鳌镇。