新石器时代,琼中黎族苗族自治县境内已有人类活动。
秦朝,为象郡外徼。
两汉,属珠崖郡地。
三国时期,吴赤乌五年(242年),为朱卢县地,属朱崖郡。
晋代,太康元年(280年),为玳瑁县地,属合浦郡。
隋代,大业三年(607年),属颜卢县地,隶属珠崖郡。
唐代,贞观元年(627年),为琼山县地,属岭南道;贞观五年(632年),改属琼州,部分境域属万安县(今万宁市);显庆五年(660年)置乐会县,境域析属乐会;咸通五年(864年),琼山西南黎峒置忠州,遂为州地;咸通十二年(871年),忠州废,仍循旧属。
元代,至元二十八年(1291年),阔里吉思率兵讨伐诸黎峒,割琼山南境置定安县,该县境域分属琼山、定安、乐会3县和万安军(明更名万宁县);天历二年(1329年),升定安县为南建州,原属定安境域改为州地。
明代,洪武二年(1369年),南建州废,境属循旧。
清代至民国初,循明制。
民国24年(1935年),白沙、保亭、乐安(后改为乐东)建县,境域改属琼山、定安、白沙、保亭4县,隶属广东省第九区行政督察专员公署;民国37年(1948年)3月,建琼中县,初属琼崖东区民主政府。
1949年3月,改属琼崖少数民族自治区。
1950年5月1日,海南全岛解放;同年6月,撤销该县建制,境地分别划入新民(今屯昌县)、万宁、保亭、白沙4县。
1952年5月,复置琼中县,隶属海南黎族苗族自治区(1955年10月,自治区更名自治州)。
1958年11月,撤州,属海南行政区公署。
1961年11月,复置自治州,琼中仍属州。
1987年9月,再次撤州,改属海南行政区;同年12月,该县更名琼中黎族苗族自治县。
1988年,隶属海南省。
2024年4月,琼中黎族苗族自治县成功退出贫困县。