据传，屯昌原为荒地，明末清初战争频繁，中国东南沿海避荒逃难之民，纷纷南逃来此屯荒，垦植，以图昌兴，故名“屯昌”。
屯昌县前身新民县所辖地，历史上原是琼山、定安、澄迈三县的边区。
宋代，海南设琼、崖、儋、万四州，县境属琼山县隶于琼州。
元代今屯昌北部属琼山，西部属澄迈、东南属定安。
明、清以至民国，虽基层建制和行政区划屡有变动，但县境仍分属琼山、澄迈、定安三县。
民国37年（1948年）2月，中共琼崖区委决定以澄迈县的第二区（今屯昌县的西昌乡）、琼山县第六区（今屯昌县的新兴镇、大同乡、屯昌镇、黄岭乡、藤寨乡、南坤镇）合并成立新民县，县政府驻地在今南坤孔葵头村。
1949年2月，原定安县南吕、乌坡、枫木、北海、岭门乡成立定西特别区；同年，新民县移治屯昌墟。
1950年，定西特别区并入新民县。
1952年7月，新民县改名为屯昌县，隶属于广东省海南行政区。
1958年12月，屯昌县与定安县合并，成立定昌县。
1961年5月，两县分开，恢复屯昌县建置。
1988年，海南建省，屯昌县直隶海南省。