明清至民国二十三年（1934年），南圣镇辖区由南圣、同甲峒两地组成。
南圣原叫指（志）玛，属陵水县指（志）玛弓。
同甲峒（包括毛祥），属定安县管辖。
民国二十四年（1935年）3月，两地划归保亭县，设置志玛乡；同年5月7日，保亭县设立3个区、14个乡，南圣乡属第一区管辖。
民国三十六年（1947年）7月，保亭县设有南圣等14个乡镇。
民国三十七年（1948年）4月，保亭县民主政府成立，南圣地区设文化乡，属保亭县第三区管辖。
1950年6月，保亭县管辖4个区、32个乡。
南圣乡属保亭县第三区管辖。
同年8月29日，保亭县进行区划调整，撤销区级政权，实行县直接领导乡的行政建置，全县设文化乡等13个大乡。
同年12月31日，保亭县撤销13个大乡，恢复区乡建置，全县设立5个区、56个乡，文化乡分出南圣乡、同甲乡，南圣镇属第四区管辖。
1951年5月，保亭县行政区划进行调整，南圣乡属第三区管辖。
1953年6月，分出红沟乡。
1955年11月，保亭县改数字命名为地名命区名称，保三区改为通什区，南圣乡、同甲乡、红沟乡属通什区管辖。
1956年12月24日，南圣乡、红沟乡2个小乡合并为南圣乡。
1958年3月3日，南圣乡、毛岸乡、同甲乡3个乡合并为南圣乡，驻地南圣村。
1958年9月，南圣乡与通什镇、福安干部农场、福安示范场、国营通什茶场合并，成立通什镇红旗人民公社。
同年12月，隶属崖县管辖。
1959年11月，隶属保亭县管辖。
1961年5月，划出成立南圣人民公社。
1966年9月，划出南圣公社管辖的毛岸，成立毛岸公社。
1983年，南圣人民公社改为南圣区公所。
1986年，划归通什市。
1987年1月，改称南圣镇。