清初，属齐齐哈尔副都统辖地，清代中叶以后属依克明安旗辖地，清朝晚期黑龙江将军始放巴拜荒段，清光绪三十一年（1905），设巴拜荒务行局。
清光储三十二年正月初八日（1906年2月1日），清廷批准，设置拜泉县，隶属海伦直隶厅管辖，县署初设太平山（今新生乡兴盛村），清光绪三十三年（1907）秋县署迁至三道镇，清光绪三十四年十月（1908年11月）迁驻新街基（今县城）。
中华民国成立后，1914年6月，拜泉县隶属龙江道管辖。
1929年2月，撤销道的建制后，改由省直辖。
东北沦陷后，初隶黑龙江省管辖，1934年12月划归龙江省，1939年6月划归新设之北安省管辖。
1945年“九三”抗日战争胜利后，隶属黑龙江省管辖，1956年3月划归嫩江专区管辖。
1960年5月至1961年10月，嫩江专区一度撤销时，曾划归齐齐哈尔市领导。
1985年1月，嫩江地区撤销后，划归齐齐哈尔市。