清代属宁古塔副都统辖区。
清光绪七年（1881）宁古塔副都统派员于三岔口地方设招垦局，招民垦荒。
清光绪十五年（1889），改设三岔口招垦总局。
清光绪二十八年十二月十三日（1903年1月11日），撤销三岔口招垦总局，设绥芬厅，驻三岔口，三岔口地方设巡检。
清宣统元年四月十五日（1909年6月2日），绥芬厅升改绥芬府，移驻宁古塔城，于三岔口设置东宁厅，“东宁”正式成为政区名称。
1913年3月，东宁厅改为东宁县，1914年6月隶属吉林省延吉道。
1929年2月，由吉林省直辖。
1934年12月改隶滨江省。
1937年7月，划归牡丹江省管辖。
1939年6月1日，将东宁县北部和穆棱县细鳞河地区划出，设置绥阳县（县政府驻绥阳镇），同时将东宁县治移至小城子，小城子改称东宁街。
1943年10月改隶东满总省。
1945年5月属东满省。
1946年4月属绥宁省，同年10月属牡丹江专区。
1947年8月属牡丹江省。
1948年7月，划归松江省管辖。
同年10月，撤销绥阳县，并入东宁县，县政府移驻绥芬河。
1952年4月，东宁县政府迁回东宁镇。
1954年8月，松、黑两省合并后，划归黑龙江省管辖。
1956年3月，属牡丹江专区（1967年改称地区）。
1975年8月15日，国务院批准，将绥芬河镇划出改设绥芬河市（县级）。
1983年9月，东宁县改由牡丹江市领导。
2024年12月撤销东宁县，改设东宁市（县级），由牡丹江市代管。
名称沿用至今。