清初形成聚落，隶属齐齐哈尔副都统管辖。
清末，中东铁路通车设富拉尔基站，隶属龙江县管辖。
东北沦陷时期，始设富拉尔基保，后改设富拉尔基村。
1945年“九三”抗日战争胜利后，1946年6月，龙江县民主政府移驻富拉尔基，设置富拉尔基区，后改为第一区，成为龙江县城。
1954年10月，划归齐齐哈尔管辖，设置富拉尔基区。
1958年12月，分为齐齐哈尔市红岸、红宝石2公社。
1961年8月，红岸、红宝石2公社合并为富拉尔基公社。
1980年6月，更名为富拉尔基区，隶属齐齐哈尔市。
名称沿用至今。