清光绪二十九年(1903)，中东铁路建成后，哈尔滨被辟为商埠，清光绪三十年(1904)，中东铁路局将哈尔滨划为新市街新埠头、旧埠头和老哈尔滨四个区，南岗区归属新市街警察署。
1937年7月后，南岗地区设南岗、马家两个区事务所。
1946年哈尔滨解放,于1947年按旧的行政区域划分，组建了南岗、马家两个区，1949年将南岗、马家两区合并为南岗区公所，1950年南岗区公所改为南岗区人民政府。
南岗区名称沿用至今。
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