清朝入主中原后，视东三省为龙兴之地，实行一系列封禁政策，禁汉人流入，将望奎指为索伦人围场，允许索伦布族狩猎朝贡。
清光绪二十三年（1897），地域解禁，汉人方接踵而来。
光绪三十一年（1905），设海伦厅，为专管汉人之机关。
“光绪三十四年”(1908)，海伦直属厅改为海伦府，同时，改双龙城官办为望奎镇，并沿用至今。
民国初年，望奎属海伦县西南乡。
1913年，因之商民云集，市面日兴，旧有街基展放，经士绅肖士德、王连科等禀请设治，未准。
中华民国成立后,隶属海伦县管辖。
1916年春,黑龙江省长公署批准,将海伦县南部三道乌龙沟以南地区划出,设置望奎设治局。
设治员严兆霖于同年9月20日抵望奎设局开办,启用关防"。
1918年2月11日,奉令将望奎设治局改为望奎县,列为二等县。
隶属绥兰道。
1929年2月,撤销道制,由黑龙江省直辖。
东北沦陷后,初隶黑龙江省,1934年12月改隶滨江省。
1939年6月,划归新设之北安省管辖。
1945年“九三”抗日战争胜利后,划归黑龙江省管辖。
1947年2月,隶属黑嫩联合省第三专区管辖,同年9月复归黑龙江省管辖。
1956年3月,划归绥化专区,1958年8月改由松花江专区管辖。
1965年6月,松花江专区.更名为绥化专区,望奎县隶属绥化专区。
1999年12月28日，国务院国函〔1999〕154号文件同意黑龙江省撤销绥化地区，设立地级绥化市。
望奎县归地级绥化市所辖。
一直沿用至今。