夏、商属豫州。
西周属沈国，豫州部。
春秋为顿国（治今平店乡李岗村），前496年灭于楚。
秦置阳城县（治今舒庄乡扶苏村），属陈郡。
陈胜、吴广起义时，改阳城县为扶苏县。
西汉县境置阳城（治所由扶苏迁往今大武乡城刘）、汝阳（治所在今张庄乡城上村）、博阳（治所在今平店乡李岗村）3县，属汝南郡。
王莽新政时改博阳县为乐家县。
东汉改阳城县为征羌县，汝阳、乐家2县未变。
三国魏废征羌、乐家2县入汝阳县，属陈郡。
晋属汝南郡。
南朝宋在今县境内置汝阳郡，领汝阳、武津（治所在今上蔡县岗郭村）2县。
北魏复置征羌县，汝阳郡领汝阳、武津、征羌3县。
北齐废郡，仍设汝阳县，属豫州。
隋开皇十六年（596）析置溵水县。
大业初年（605）废汝阳县入溵水县。
皇泰元年（618）析置扶苏县，溵水、扶苏2县同属淮阳郡。
唐武德五年（622）废扶苏县入溵水县，属河南道。
贞观元年（627）属陈州。
建中二年（781）属溵州。
兴元元年（784）属淮阳郡。
五代属陈州。
宋建隆元年（960）为避讳改称商水县，属淮宁府。
金属陈州。
元至元二年（1336）废项城、南顿2县入商水县，后3县复分置，属陈州。
明洪武元年（1368）废商水县。
四年（1371）复置，属陈州。
清属陈州府。
1913年属豫东道。
1914年属开封道。
1927年直属河南省。
1932年先后属河南省第三区行政督察区、河南省第七区行政督察区。
1947年设郾商西县。
1949年郾商西县并入商水县，属淮阳专区。
1952年撤销周口市（县级），改为商水县辖镇，县政府迁驻周口镇。
1953年划属许昌专区。
1965年属周口专区。
1969年属周口地区。
1975年县迁驻今商水县城。
2000年属周口市。