春秋战国时期，秦王政二十六年（前221），秦统一全国后，置郡设县，樊城隶属南阳郡。
东汉建安十三年（208），曹操取樊，置襄阳郡，樊城隶属襄阳郡。
南北朝、西魏时（535-557），置樊城县，隶属河南郡。
北周（558-580年）废樊城县，设安养县。
唐天宝元年（742）改安养县为临汉县，永贞元年（805）移临汉于古之邓县治名邓城县，樊城为邓城县辖镇。
宋绍兴五年（1135），撤邓城县，并入襄阳县，樊城为襄阳县辖镇。
元至元二十七年（1290）立襄阳路，治所襄阳，辖樊城。
明嘉靖三十九年（1560），襄阳县设4坊（东北坊、东南坊、西北坊、西南坊）2厢（樊城厢、黑门厢）29里（牛首、蔡林、潼口等）。
清代至民国时期樊城为襄阳县辖镇。
清宣统年间，襄阳县划分为8区，樊城为襄阳县第二区。
民国25年（1936），襄阳县分为6区、108联保（乡、镇），于樊城设樊东镇、樊南镇、樊西镇、樊北镇，均隶属第二区。
民国30年（1941）正式实施新县制，襄阳县分设37乡镇，樊城分设为樊东镇、樊西镇。
民国31年（1942），樊东、樊西两镇合并为樊城镇。
1949年1月10日，樊城、襄阳第二次解放后（1948年7月第一次解放），中共桐柏行署三专署将襄阳、樊城合并组建襄樊市。
1949年3月15日，桐柏区党政机构奉命撤销后，襄樊市划归汉南工委领导。
1949年5月，湖北恢复省区建制，中共汉南工委改为中共襄阳地方委员会，同时成立襄阳地区行政专员公署，直辖襄樊市。
1952年改襄樊市为专署辖镇。
1953年4月，襄樊市恢复建置，改为省辖（县级），1979年升为省辖地级市。
1983年8月，襄阳地区撤销，其行政区域并入襄樊市后，于1984年1月，在樊城分设樊东区、樊西区、郊区。
1995年10月，国务院批准襄樊市关于设置樊城区的请示之后，襄樊市委、市政府撤销原在樊城设置的樊东区、樊西区和郊区，筹建樊城区。
1996年7月12日，樊城区第一届人民代表大会第一次会议选举产生樊城区首届政府领导人，樊城区正式成立。
2001年8月31日，米庄镇划归襄阳区管辖，原襄阳县的牛首镇、太平店镇划归樊城区管辖。
2010年11月26日，《国务院关于同意湖北省襄樊市更名的批复》国函〔2010〕129号，襄樊市更名襄阳市，樊城区属襄阳市管辖。