远古氏族社会时，淮安市境为淮夷、徐夷聚居地。
淮夷的部落首领益率部众随大禹治理淮河，被封为伯。
禹的儿子启继位六年（前2170）时杀伯益，封其小儿子若木于徐地（今江苏省徐州、淮安的盱眙和安徽凤阳一带），成立徐国。
春秋战国时期（前486年），吴王夫差开挖了中国大运河最早河段——邗沟（即京杭大运河扬州至淮安区段）。
之后徐国先后被吴、越灭国，至灭国时，存续达1600余年。
亡国后国土最后被楚国兼并。
（资料来源：李白凤《东夷杂考》；《淮安文学史》）。
秦统一六国，灭楚，在淮安市境置县邑有淮阴（今清江浦区、淮阴区、淮安区大部分）、盱眙（今盱眙县城北）、东阳（今盱眙县马坝）。
西汉年间，市境内又增置淮浦（今涟水县西）、射阳（今淮安市东南）、富陵（今洪泽湖中）等县。
东汉分属下邳国和广陵郡。
三国属魏临淮郡、广陵郡。
西晋因之。
东晋分广陵郡置山阳郡治山阳（今淮安区），南朝宋因之。
南齐永明七年（489），割直渎、破釜以东，淮阴镇下流杂100户置淮安县，“淮安”之名始见。
宋泰始二年（549）侨立兖州，治淮阴。
齐名北兖州，曾治盱眙，后复旧。
梁泰清三年（549）入东魏，改北兖州置淮州，又分置淮阴郡。
隋开皇初改淮州为楚州。
十二年移置山阳。
隋大业初废楚州改属江都郡。
唐武德初置东楚州。
八年复改楚州。
天宝初为淮阴郡。
乾元初再称楚州。
南宋端平元年（1234）改淮安州。
元为淮安路。
明清称淮安府。
明永乐十三年（1415）陈瑄重浚宋故沙河，更名清江浦，并建清江闸，清江浦镇（今市主城区）由此兴起，逐步取代山阳县为南北交通要冲。
清乾隆二十五年（1760）清河县迁治清江浦镇，亦属淮安府。
民国元年（1912），废淮安府留清河县。
1914年改称淮阴县。
1914至1921年为民国政府淮扬道治。
1934年为国民政府淮阴行政督察区专员公署驻地。
1937年民国政府江苏省政府曾迁此。
1945年，新四军第一次解放淮阴，建共产党领导的清江市。
1948年第二次解放，成立两淮市，旋废，复称淮阴县，属淮阴专区（专区公署驻沭阳县）。
1951年复建清江市。
1952年专区公署移驻于此。
1954年清江市改省辖。
1858年清江市和淮阴县合并称淮阴市。
1964年市县分置，仍名清江市。
1970年为淮阴地区行政公署驻地。
1983年撤销淮阴地区，更名为淮阴市。
2001年更名为淮安市。
2024年，淮安市清河区、清浦区合并更名为清江浦区，洪泽县更名为淮安市洪泽区。