淮阴县在西周时期地跨徐扬二州。
春秋后期属吴，吴被灭后属越。
周贞定王二十四年（前445），楚国屡侵泗水流域，淮阴归属时越时楚，后来终属楚。
秦王政二十四年（前223），秦灭楚，在淮河（今废黄河）南岸置县隶属东海郡，始名淮阴县。
西汉初，析淮阴县西南地域置富陵县，汉高祖六年（前201），封韩信为淮阴侯，淮阴为其封邑。
武帝元狩六年（前117），至临淮郡，淮阴、富陵属之。
新莽时改淮阴为嘉信。
东汉永平十五年（72），分临淮郡故地立下邳国。
三国时属魏。
晋太康三年（282），广陵郡治迁至淮阴。
南朝刘宋泰始三年（467），淮北被北朝占领，刘宋于淮阴侨立兖州，也称北兖州。
隋初，设为淮阴县。
北宋时，依旧称淮阴县。
南宋建炎元年（1127），划出淮阴县西境置吴城县，三年后又复归淮阴县。
至元二十年（1283），把淮阴县并入山阳县。
明至清乾隆二十七年（1762），淮阴县的体制和元时一样。
1914年，清河县恢复淮阴县旧名（因与直隶省清河县同名之故）。
1948年12月，人民解放军解放淮阴城，城区与淮安合组为两淮市，市府驻清江浦；农村仍为淮阴县，县府驻王营镇。
次年3月，撤销两淮市，清江浦复归淮阴县。
1958年8月，清江市与淮阴县合并，成立淮阴市。
1964年10月，市县再次分置为淮阴县和清江市。
1972年淮阴县政府迁至王营镇。
1948—1983年淮阴县均隶属于淮阴专员公署。
1983年3月，江苏省实行市管县体制，撤销淮阴地区专员公署，设立淮阴市，淮阴县为其属县。
2001年1月12日，撤销淮阴县，改设为淮安市淮阴区。