唐武德三年（620），在此首建准行政机构“吕四场”。
后周显德五年（958），海门建县，域境中、北部属之。
清康熙十一年（1672），降海门县为静海乡，并入通州。
乾隆三十三年（1768），划通州19沙、崇明11沙和新涨的10个沙，设置海门直隶厅，上隶于江苏布政使司。
今启东中部地区，时为海门直隶厅的东境。
雍正至光绪初年（1733~1875），长江口北岸的惠安沙、杨家沙、永丰沙等13个沙洲陆续形成并连成一片，因临近崇明岛，称崇明外沙。
光绪二十三年（1897），崇明县设崇海司巡检署于九龙镇（后更名为久隆镇）。
崇明、海门两地间开挖崇海界河，南为崇明外沙，北属海门。
同期，通州、海门界河也开挖完成，以南为海门，以北为通东（通州东部）。
今启东分属三地的格局至此形成。
北部吕四地区，宋、元、明、清时属海门，1912年到1942年属南通县；中部属于海门；南部属崇明，称为“崇明外沙”。
民国9年（1920），崇明县在外沙惠隆镇（今汇龙镇）设行政公署。
民国17年（1928），省政府决议“崇明外沙应即设县分治，定名‘启东’”；中华民国政府决议“准予备案”；启东县成立，县治汇龙镇。
民国22年（1933），启东县隶于江苏省行政第七区。
民国25年（1936）隶于江苏行政第四区。
抗日战争期间，中共在此建立东南行署。
1946年抗战胜利后，民国县政府随军“回乡”。
1949年，中共解放全境后，另建县建置，先后属南通行政区、南通专区、南通地区。
1983年，实行市管县体制。
1989年11月13日，国家民政部批复江苏省人民政府（民行批〔1989〕23号），同意启东撤县设市，1989年12月14日，江苏省人民政府发出《关于设立启东市的通知》（苏政发〔1989〕122号），撤县设市。