元皇庆元年（1312），改吉州路总管府为吉安路，吉安市境域分属吉安路和临江路。
元至正二十二年（1362），改吉安路为吉安府，临江路为临江府。
吉安市境仍大部属吉安府，局部（新淦县）属临江府。
明洪武九年（1376），改江西行中书省为江西承宣布政使司，下设“道”，吉安府属分巡兼分守湖西道。
嘉靖五年（1526），析新淦地置峡江县，与新淦同属临江府。
清康熙二十一年（1682），废湖西道，吉安府隶江西承宣布政使司。
雍正九年（1731），吉安府隶分巡吉南赣道。
其中新淦、峡江县仍属临江府。
1912年，废府，吉安市境内各县厅直属省辖。
1914年，设道，境内所有县皆属庐陵道。
1926年，废道，县直属省。
1928年5月，正式成立吉安市政府，直属省。
1949年7月，境内大多数县属吉安分区，只有新淦属南昌分区。
1952年9月，新淦县改属吉安分区。
1955年，改为吉安专区。
1968年，改为井冈山专区。
1971年，改为井冈山地区。
1979年，改为吉安地区。
1992年6月，莲花县划归萍乡市。
2000年5月，撤销吉安地区和县级吉安市，设立地级吉安市，原县级吉安市分设吉州区和青原区。
同时，将宁冈县与井冈山市合并，组建新的县级井冈山市，直隶省，吉安市代管。
2024年，吉安市辖2区10县，代管1县级市，市政府驻吉州区。