清朝乾隆八年（1744），永新、安福两县共划出三十二都，地置莲花厅，治仍设于莲花桥，称吉安分防府，至咸丰二年（1852）改称吉安抚民府莲花厅。
1912年，全省废13府，州所一律改县治，改设为莲花县，县治设琴亭镇，辖4个区18个乡，1914年，全省分4道，莲花县属庐陵道，1926年，废道，县直隶省辖。
1928年7月，莲花县属苏维埃湘赣边特区；1930年2月，属赣西南特区；1930年10月，属湘东南特区。
1932年，莲花县属第十行政监察区；1935年4月24日，莲花县属第三行政督察区。
1949年8月14日，隶属吉安专区。
1949年8月，全县划分为6个临时行政区，不久改为5个区。
1950年5月，共辖6个行政区；1952年6月，全县划分为7个区。
1956年3月，撤区并乡，全县共设20个乡镇。
1968年，吉安地区改称井冈山地区，属井冈山地区。
1959年1月政社合一，将20个乡镇撤并调整为9个人民公社。
1959年4月，原9个人民公社划分为15个人民公社。
1960年6月，15个人民公社合并为5个人民公社。
1960年11月，5个人民公社划分为15个人民公社。
1961年4月，辖6个区20个人民公社。
1961年6月，全县划分8个管辖区1个镇，下辖47个人民公社。
1963年10月，撤区并社，全县划分为18个人民公社。
1968年10月，全县划分为10个人民公社。
1976年10月，全县划分为16个人民公社。
1979年井冈山地区改称为吉安地区，莲花县属吉安地区。
1984年3月，设寒山乡，共辖18个乡（镇）。
1992年划归萍乡市管辖。
1999年3月，共辖12个乡6个镇。
2001年8月，共辖9个乡，6个镇。
2005年3月，共辖8个乡5个镇，5个居民委员会，157个村民委员会。