商、周以前属扬州；春秋时期属吴地；战国时属楚地；秦时属九江郡；东汉时属庐陵郡。
汉献帝建安四年（199）为遂兴县之一部分。
三国时吴大帝嘉禾四年（235）改称新兴县。
西晋太康元年（280）复名遂兴县，其属地并入泰和县。
南唐宝大元年（943）设立了万安镇。
据传乃辟地得石符一帖，上有八分书云“地界两州，神秀所幡，更为都邑，万民以安”，故名万安。
又因遂兴江口时起五色祥云，故又别称五云。
古有“五云呈祥，万民以安”之誉。
宋熙宁四年（1071）改万安镇为万安县。
元属吉安路。
明清属吉安府。
1914年属庐陵道。
1926年直属于省。
1932年属第九行政区。
1935年属第三行政区。
1949年8月，属吉安地区专员公署管辖，1968年属井冈山地区管辖。
1979年属吉安地区行政公署管辖。
2000年8月，隶属地级吉安市。
一直沿用至今。