余干，秦始皇二十六年(公元前221年)建县,讫今已有2231年历史。
以境处余水之干得名为余干县。
西汉初名余汗县，属豫章郡，治所即今玉亭镇。
王莽始建国初年（9）改名治干县。
三国吴称余汗县，改属鄱阳郡。
南朝宋永初年间改名余干县。
南齐又复名余汗县。
隋开皇九年（589）又改称余干县，属饶州。
元元贞二年（1296）升为余干州，属饶州路。
明洪武初改为余干县，属饶州府。
民国时期，先后属浔阳道，江西省第四行政区，第六行政区。
1949年5月7日余干解放后，先后属鄱阳专区、乐平专区、浮梁专区，1952年改属上饶专区。
1968年上饶专区改称上饶地区，2000年10月上饶地区撤区设市，余干县属上饶市管辖。