早在西汉初期，松原市一带便建立了中国东北地区第一个地方农业制国家——扶余国（都城长春），扶余国的农业、畜牧业已经十分发达，开创了中国北疆历史文化的先河。
清代，今吉林省松原市扶余一带属吉林将军伯都讷副都统辖地，副都统驻伯都讷城。
伯都讷城是清初“边外”（柳条边）七大军事重镇之一。
清康熙二十一年（1682年），设立伯都讷站，是宁古塔将军境内西部通往齐齐哈尔城的重要通道。
清康熙三十二年（1693年），在伯都讷驿站南20里处建新城，名伯都讷新城（今扶余镇），添设伯都讷副都统专城驻防。
清嘉庆十六年（1811年），设置伯都讷厅，驻伯都讷新城，同时设分防巡检一员，驻孤榆树屯（今榆树市），隶属伯都讷厅。
清光绪三十二年正月二十二日（1906年2月15日），伯都讷厅升改新城府，驻新城，与伯都讷副都统同城；孤榆树屯巡检改设榆树县，由新城府领。
翌年4月，裁将军，改隶吉林行省西北路道。
清宣统元年四月十五日（1909年6月2日）批准，裁撤伯都讷副都统。
民国二年（1913年）3月，改为新城县。
隶属吉林省西北路道。
民国三年（1914年）2月，因与河北、山东等省新城县重名，奉令改称扶余县。
同年6月，西北路道改称滨江道，隶属滨江道。
民国六年（1917年）建国方略完稿，革命先行者孙中山先生在著名的《建国方略》中曾构想在松嫩两江交汇处设立一个“东镇”作为东北枢纽城，这里的“东镇”就是松原。
民国十八年（1929年）2月，废止道制，由吉林省直辖。
东北沦陷后，隶属吉林省管辖。
民国三十四年（1945年），“九三”抗日战争胜利后，初隶吉江行政区，民国三十五年（1946年）5月，划归嫩江省管辖。
1949年5月，划归吉林省管辖。
1956年，隶属公主岭专区，1958年10月改隶白城专区。