清原战国时属燕国的辽东郡，秦及汉初袭旧。
西汉昭帝始元五年（公元前82年）为玄菟郡高显县地，后属平州玄菟郡；三国西晋隶属无变。
东晋南北朝属前燕、前秦、后燕。
从北燕至隋为高句丽所据。
唐初属新城地。
唐高宗总章元年始属安东都护府。
后为渤海扶余府的辖境。
辽初属优州，会同二年（938年）始为东京道咸州东境地。
金初此地属东京咸平县。
天德二年（1150年）起属咸平路成平县。
元初属开元路开元府，至元二十四年（1287年）属辽阳行省开元府，元贞二年（1296年）属辽阳行省开元路。
明洪武始属辽东都指挥使司开元三万卫所辖。
正统三年（1438年）清河以南属建州卫地，其余所属不变。
万历四十四年（1616年），后金政权建立后，此地为明、后金割据区。
清初，康熙起奉天府属开原县。
清代为开原、兴京两县相间之地。
民国初年（1912年）底开原县境，后因此地位于柳河、兴京、海龙三县交界处，距县城较远，难以控制，便于民国十四年（1925年）析开原、海龙、柳河、兴京以及铁岭五县各一部分，置设治局，同年八月升为县。
民国十七年（1928年）七月正式定名为清原县。
民国十八年（1929年）东北政务委员会成立，改奉天省为辽宁省，清原县直隶辽宁省为三等县。
伪满大同元年（1932年）三月公布省公署官制，复改辽宁省为奉天省，仍隶奉天省为丙类县。
东北光复后，建立了共产党领导下的县人民政府。
1946年，国民党占领此地，为安东省所辖。
1948年，重新解放，划归辽东省管辖。
1954年，划归辽宁省所辖。