西汉时期，今阿巴嘎旗境东西分属匈奴和乌桓。
东汉时期，属鲜卑。
三国、西晋时期，属鲜卑统辖地。
东晋太和元年（366年），今旗境属代统治区。
前秦建元十八年（382年），属前秦政权统辖区。
魏登国十年（395年），属魏统辖区。
南北朝北魏时期，今旗境新浩特镇南部属怀荒镇和御夷镇镇戍地区，新浩特镇以北地区属柔然辖区。
东魏武定四年（546年），今旗境属柔然政权统辖。
北齐、北周时期，今旗境属突厥政权统辖。
隋朝时期，属突厥辖区。
唐总章二年（669年），今旗境属定襄都督府，隶属单于都护府。
唐开元二十九年（741年），今旗境属突厥政权统辖。
五代十国时期，今旗境属契丹辽统辖区。
辽朝时期，今旗境北部为上京道黑车子室韦地，南部属倒塌岭节度使司辖区。
金朝时期，属西京路北境。
元朝时期，今旗境北部属岭北行省和宁路，设有阔斡秃站（今旗吉尔嘎郎图苏木），南部属上都路辖区。
明朝时期，为察哈尔万户地。
蒙古族塔尔尼库同率部在此游牧，其部称阿巴嘎。
清崇德六年（1641年），设阿巴嘎右翼旗建制，辖境相当于今阿巴嘎旗西部地区。
清顺治八年（1651年），设阿巴嘎左翼旗建制，辖境包括今阿巴嘎旗东北部和锡林浩特市西部地区。
两旗均设札萨克，分别管理旗务，隶属锡林郭勒盟。
清康熙六年（1667年），设阿巴哈纳尔右翼旗制，辖境相当于今阿巴嘎旗东部的狭长地带，设札萨克管理旗务，隶属锡林郭勒盟。
民国三年（1914年），成立察哈尔特别行政区，阿巴嘎左右旗、阿巴哈纳尔右旗归察哈尔特别行政区管辖。
民国十七年（1928年），察哈尔特区改为省。
阿巴嘎左右旗、阿巴哈纳尔左右旗均归察哈尔省管辖。
民国二十六年（1937年），“七·七”事变，为伪蒙疆政府辖境。
民国三十五年（1946年）春，中国共产党在锡林郭勒盟地区开辟工作。
内蒙古自治运动联合会转移到贝子庙（今锡林浩特市），锡林郭勒盟分会和政府组织工作队在阿巴嘎左右旗、阿巴哈纳尔左右旗改造旧政权，建立民主政权，隶属锡林郭勒盟分会管辖。
民国三十六年（1947年），在贝子庙成立中国共产党锡（锡林郭勒）察（察哈尔）巴（巴彦塔拉）乌（乌兰察布）工作委员会。
民国三十七年（1948年），成立中部中心旗工作委员会，阿巴哈纳尔左旗、阿巴哈纳尔右旗、阿巴嘎左旗受中部中心旗工委管辖；阿巴嘎右旗受西部中心旗工委管辖。
1949年春，阿巴嘎右旗、阿巴哈纳尔右旗合并为西部联合旗；阿巴嘎左旗、阿巴哈纳尔左旗、浩齐特右旗合并为中部联合旗。
1952年，西部与中部联合旗合并为西部联合旗，归锡林郭勒盟管辖。
1956年，西部联合旗改称阿巴嘎旗。
锡林浩特为苏木级建置，受锡林郭勒盟直接领导。
1959年，将伊勒特公社划归锡林浩特管辖。
1963年10月，锡林浩特改设阿巴哈纳尔旗。
同年12月，将阿巴嘎旗阿尔善宝拉格公社划归阿巴哈纳尔旗管辖。