明成祖永乐元年至宣德八年（1403～1433年），明朝设置阿伦卫（今阿荣旗境），隶属奴儿干都司。
[35]清朝时期，属黑龙江将军齐齐哈尔副都统辖区。
民国时期，属黑龙江省龙江道。
民国二十二年（1933年）3月，伪满洲国始设阿荣旗，伪阿荣旗公署驻红花梁子。
民国二十三年（1934年）12月，伪满洲国将兴安东分省升格为兴安东省，伪阿荣旗公署属伪满洲国兴安东省行署管辖。
民国三十年（1941年），伪阿荣旗公署迁至那吉屯（今那吉镇），隶属伪满洲国兴安东分省行署管辖。
民国三十二年（1943年）10月，伪满洲国兴安东省被撤消，改设兴安东地区，伪阿荣旗公署属伪满洲国兴安东地区行署管辖。
民国三十四年（1945年）8月，阿荣旗获得解放，隶属兴安省纳文慕仁盟。
民国三十五年（1946年）6月，中共阿荣旗工作委员会成立。
民国三十六年（1947年）11月，首届阿荣旗农工牧猎联合代表会议在那吉屯召开，阿荣旗人民政府正式成立，阿荣旗隶属纳文慕仁盟管辖。
民国三十八年（1949年）4月，纳文慕仁盟与呼伦贝尔盟合并称呼伦贝尔纳文慕仁盟（简称呼纳盟），阿荣旗隶属呼纳盟管辖。
1954年4月30日，呼纳盟被撤消，合并成立呼伦贝尔盟，阿荣旗隶属内蒙古自治区呼伦贝尔盟管辖。
1969年7月，呼伦贝尔盟划归黑龙江省，阿荣旗隶属黑龙江省呼伦贝尔盟管辖。
1979年7月，呼伦贝尔盟由黑龙江省划归内蒙古自治区，阿荣旗隶属内蒙古自治区呼伦贝尔盟管辖。
2001年10月10日，国务院批准撤销呼伦贝尔盟设立地级呼伦贝尔市，阿荣旗隶属内蒙古自治区呼伦贝尔市管辖。