天聪八年（1634年）划定旗界。
清顺治五年（1648年）建立旗制，设札萨克衙门，会盟昭乌达。
雍正初年（1723年）属热河厅，雍正十一年（1733年），属承德府八沟理事同知厅。
乾隆四十三年（1778年）属热河道赤峰县。
中华民国前期属热河特别区，伪满时属伪兴安西省，改札萨克衙门为伪旗公署。
中华民国34年（1945年）10月，建立旗政府。
中华民国36年（1947年），建巴林右翼旗人民政府，属热河省昭乌达盟人民政府辖。
1949年5月，随昭乌达盟归内蒙古自治区，辖5个努图克、2个区。
1952年，行政区划变更为1个区，5个努图克。
1954年，巴林右翼旗人民政府改建为巴林右翼旗人民委员会。
1957年，更名为巴林右旗人民委员会，同年，撤努图克、区改建苏木、乡，辖9个苏木、8个乡。
1958年，改建为10个人民公社。
1961年，增建到14个人民公社。
1968年，改建为巴林右旗革命委员会。
1969年，随昭乌达盟划归辽宁省。
1979年，随昭乌达盟复归内蒙古自治区，复建巴林右旗人民政府。
1983年，盟改市，属赤峰市辖。
1984年，改建为15个苏木、2个乡，2个镇。
2001年，将原来的19个苏木乡镇调整为12个苏木、2个乡、2个镇。
2006年，撤乡并镇，由16个苏木乡镇合并组建为3个苏木、5个镇。
2024年，行政区划调整，将查干沐沦镇划分为查干沐沦苏木和巴彦琥硕镇。
巴林右旗人民政府驻大板镇，辖西拉沐沦、巴彦塔拉、幸福之路、查干沐沦4个苏木、大板、索博日嘎、宝日勿苏、查干诺尔、巴彦琥硕5个镇，沿用至今。