先秦时期早在原始社会，巴彦淖尔市境内阴山以北地区就有人类居住。
巴彦淖尔市地区在战国时阴山以南属赵国云中郡九原地，阴山以北为匈奴牧地。
[21]秦汉至南北朝时期秦始皇二十六年（前221年），巴彦淖尔市南部属于九原郡辖地。
秦始皇三十六年（前211年），把中原地区3万户人家迁到北河（即巴彦淖尔市乌加河），进行垦殖，开始兴起农业。
[21]西汉时，巴彦淖尔市乌加河以南的东部地属五原郡，西部地属朔方郡，乌加河以北地则属匈奴统辖。
两个郡都由朔方刺史部统领。
[21]三国魏景元三年至西晋太康二年（262年~281年），巴彦淖尔市乌加河以南后套地由羌族政权统辖；乌拉特前、中、后三旗由拓跋鲜卑政权统辖；乌拉特后旗西部和磴口县地区，则由西部鲜卑政权统辖。
[22]南北朝初期，市境均为北朝少数民族政权统治。
[23]北魏时期（386年~534年），黄河南迁，以前的河道改称乌加河，巴彦淖尔这才有黄河后套之说。
[24]隋唐至宋元时期隋开皇五年（585年），设立丰州管辖乌加河河套地区。
唐朝初年，市境仍属丰州，辖境包括临河区、五原县、杭锦后旗等地区，隶属于关内道。
唐贞观二十一年（647年），漠北铁勒诸部归服于唐，唐朝设置燕然都护府，下辖有巴彦淖尔市北部地区。
[25]唐末五代十国时期（907年~979年），辽基本统治巴彦淖尔市境，并在乌拉特前旗乌梁素海北派驻应天军。
西夏开运元年（1034年），党项族李元昊建西夏，在乌拉特后旗置黑山威福军司。
[26]元至顺元年（1330年），甘肃行省兀剌海路治所兀剌海城，管辖乌拉特后旗和乌拉特中旗与乌拉特前旗大部及后套地区；乌拉特前、中二旗东部一部分地区归属中书省德宁路管辖；磴口县地区则属甘肃行省宁夏府路管辖。
[26]明清时期明初，巴彦淖尔市境阴山以南属宁夏卫，隶属陕西统领；乌拉特前、中、后三旗地为东胜卫辖境，隶属山西统领。
明天顺六年（1462年）以后，蒙古毛里孩、满鲁、火筛等部先后进入河套地区。
明嘉靖年间（1522年）以后，衮弼里克图墨尔根击败火筛部，河套以东及阴山前后为阿勒坦汗子孙所分据。
[27]清康熙三十六年（1697年），将磴口县地区编属为阿拉善和硕特旗辖地。
清乾隆四年（1739年），将阴山以南后套地区划归山西萨拉齐厅遥领。
清光绪二十九年（1903年），设置五原厅统领后套地区，隶属山西归绥道。
[27]中华民国时期民国二年（1914年），巴彦淖尔市全境除磴口县外，皆划归绥远特别区管辖。
[28]民国二十八年（1939年），绥远省政府因省会归绥沦陷，辗转移驻巴彦淖尔市杭锦后旗陕坝镇，随后在此设立第八战区副司令长官部，这里一度成为西北抗日前线的政治、军事要地。
民国31年（1942年），绥远省政府在后套地区实行“新县制”，扩建为6县1镇，并作为省政府驻地。
[29]1949年9月19日，后套地区和乌拉特三旗和平解放。
[30]中华人民共和国成立后1956年6月，巴彦淖尔盟人民委员会成立，驻巴彦浩特市，下辖阿拉善旗、额济纳旗、磴口县和巴彦浩特市。
这是巴彦淖尔盟称谓的开始。
1958年7月，巴彦淖尔盟人民委员会改为行政公署，迁驻磴口县。
[31]2003年12月1日，国务院批准撤消巴彦淖尔盟和县级临河市，改设立巴彦淖尔市和临河区。
巴迥锥邢孪胶冀鹾笃臁⑽诶睾笃臁⑽诶刂衅臁⑽诶厍捌臁⑽逶亍㈨憧谙睾土俸忧?个旗县区和1个国家级经济技术开发区、1个国家农业高新技术产业示范区、1个常年开放陆路口岸。