辽代，为上京道乌古迪烈统军司所辖；金代，设置临黄府路庆州大盐乐群牧司。
元代，属岭北行省济南王部管辖地。
清初，设乌珠穆沁左旗。
1949年，归东部联合旗。
1956年，东乌珠穆沁旗建制。
1956年，原东部联合旗的第五、第六、第七佐（后改为5个苏木），25个巴嘎划归东乌珠穆沁旗。
西乌珠穆沁旗的道特淖尔、宝拉格、敦达高毕、呼布钦高毕、萨麦、阿拉坦合力、额和宝拉格划归东乌珠穆沁旗。
1975年，乌拉盖公社、呼热图淖尔公社、宝格达山林场划归东乌珠穆沁旗。
1983年，乌尼特牧场划归东乌珠穆沁旗。
1984年1月，巴音胡硕镇归东乌珠穆沁旗，8月，满都呼宝拉格牧场划归东乌珠穆沁旗。