额尔古纳是蒙古语“捧呈、递献”之意，后又逐渐把它修饰为“奉献”之意。
隋唐时期，室韦就成为呼伦贝尔部分部落驻地，唐代曾设室韦都督府进行管辖。
南宋开禧二年（1206年），为成吉思汗的二弟合撒儿的领地，黑山头古城就是他们居住的主要城池。
明成祖永乐元年至宣德八年（1403～1433年），明朝先后设置坚河卫（今额尔古纳市、根河市），隶属奴儿干都司。
[25]清雍正五年（1727年），清王朝在额尔古纳河流域设置了“卡伦”，管理边务和内政一直延续到民国时期。
民国九年（1920年），建室韦县和奇乾设治局；民国十年（1921年），设奇乾设治局为奇乾县；民国二十二年（1933年），伪满洲国改室韦县和奇乾县为额尔古纳左翼旗和额尔古纳右翼旗；民国三十七年（1948年），合为额尔古纳旗，人民政府设在三河镇。
1966年1月，经国务院批准，撤消额尔古纳旗，分设左右两旗，并将1961年划给陈巴尔虎旗的三河、上库力、拉布达林划回额尔古纳右旗。
1975年，旗政府迁至拉布大林。
1994年，国务院同意撤销额尔古纳右旗，设立额尔古纳市（县级），以原额尔古纳右旗的行政区域为额尔古纳市的行政区域。