旧石器时代，回民区境内就有人类活动。
舜时期，回民区与呼和浩特其他地区称“并州徼外”，当时为荤粥族所居地。
夏、商、周时期，呼和浩特地区或称“并州徼外”、或称“冀州徼外”。
战国时期，赵武灵王征服居于今呼和浩特地区的少数民族“林胡”和“楼烦”，在阴山（大青山）山脉南麓置云中郡（今托克托县古城村），回民区属云中郡领地。
秦朝时期，设36个郡，原赵国的云中郡仍为一郡，管理今呼和浩特大部地区，回民区属云中郡辖地。
西汉初期，呼和浩特部分地区仍称云中郡，回民区属之。
东汉末年，鲜卑拓拔部占据呼和浩特地区，后拓拔部建立北魏，回民区属盛乐城管辖，后将盛乐都城安置归顺于魏的敕勒族，故呼和浩特地区有“敕勒川”之称，回民区在敕勒川地界内。
南北朝时期，呼和浩特地区曾是突厥族居地。
隋朝时期，呼和浩特地区设榆林关总管府，不久又改为云州总管府。
大业元年（605年），改云州为定襄郡，回民区为定襄郡辖地。
唐朝时期，先后在呼和浩特地区设云中都护府，又称单于都护府，后又改置为东受降城，回民区为其属地。
五代十国时期，契丹族占据呼和浩特地区。
辽天禄元年（947年），设置丰州（城址今白塔村北），回民区为丰州属地，属云中州西京道（治所在今山西大同）管辖。
金收国元年（1115年），改西京道为西京路，今呼和浩特地区仍称丰州。
后将丰州改称天德总管府，回民区属之。
元朝时期，沿金制，今呼和浩特地区仍称西京路丰州，隶属中书省大同路管辖，今回民区为丰州辖区。
明朝初期，在长城以北设置五卫，回民区属丰州卫属地。
正统年间，放弃长城以北军事设置，呼和浩特地区成为蒙古土默特部驻牧地，回民区为土默川之中的一部分。
万历三年（1575年），城垣建成，赐名“归化城”，今回民区为归化城属地。
后金天聪八年（1634年），后金统一内蒙古各部，把居于呼和浩特地区的土默特部分为左右两翼，设左右翼都统管理，回民区为左翼辖地。
清康熙三十二年（1693年），设安北将军，驻归化城，专管归化城都统﹑副都统及训练官民等事。
雍正元年（1723年），将归化城军政、民政分设，归化城土默特副都统只管蒙古族民政和军事，设归化城理事同知专管民政，对汉、回等民族进行管理，隶山西大同府。
雍正七年（1729年），归化城理事同知改属山西朔平府。
乾隆六年（1741年），在归化城设归绥道，隶属山西巡抚，管辖归化、绥远、托克托、和林格尔、清水河、萨拉齐六厅，今回民区属归化厅管辖范围。
民国元年（1912年），废道、厅，改归绥道为观察使公署，归化厅改称归化县。
民国二年（1913年），撤销归绥道观察使；同年，撤销新城的粮饷理事同知厅（原绥远粮饷厅），并将绥远、归化新旧二城正式合并称归绥县。
民国三年（1914年），设立绥远特别行政区。
民国四年（1915年），设绥远道，管辖行政区内的8个县；同年7月，废除绥远道，改为绥远民政厅，恢复都统，下设军政、民政厅建置；同年9月，改绥远特别行政区都统公署为绥远省临时区政府。
民国十八年（1929年），绥远省成立，并将归绥县定为省会（一级），下设4个区，今回民区在第一区所辖范围内?/p>
民国二十六年（1937年），成立伪蒙古联盟自治政府，归绥城区改称厚和豪特市。
民国二十七年（1938年）1月，归绥县改称巴彦县；同年8月，撤销巴彦县，与市区合并，通称厚和特别市。
民国二十八年（1939年），更名厚和市，在厚和市城区设6个镇，旧城设4个镇，今回民区在第四镇范围内。
民国三十四年（1945年），国民党进驻归绥，厚和市改称为归绥市，恢复归绥县，与市割界分治，当时归绥市市区原6个镇改为6个区，旧城有4个区，今回民区为第一区范围内。
民国三十八年（1949年）9月，绥远和平解放后，归绥市区仍设6个区，今回民区在第一区境内。
1950年2月，归绥市在调整区划时，将回民聚居区域划入归绥市第一区公所辖区。
同年12月28日，撤销归绥市第一区公所，成立归绥市回民自治区。
1955年12月，经自治区人民政府批准，撤销回民自治区，改称呼和浩特市回民区。
1956年11月，呼和浩特市人民委员会决定，撤销庆凯区时，将其一部分区域划归回民区。
1961年，新城区管辖的锡林郭勒北路以西部分地区划归回民区。
1967年，将回民区更名为“红旗区”，并成立红旗区革命委员会。
1978年10月，恢复回民区。
1980年，召开回民区第八届人民代表大会，选举产生回民区人大常委会和人民政府。
1999年7月1日，呼和浩特市调整市辖区行政区划，把原郊区的攸攸板乡和西菜园乡9个行政村划归回民区，统称攸攸板乡。