旧石器时期，扎赉诺尔人在此活动。
商朝时期，扎赉诺尔地区属肃慎和东胡的活动范围，与商王朝有朝贡关系。
周朝至秦朝时期，属东胡地。
西汉时期，为匈奴左贤王庭辖地。
两汉更迭时期，鲜卑拓跋部南迁至达赉湖一带，扎赉诺尔地区为其领地，至东汉末年。
南北朝时期，属柔然、突厥地。
隋朝时期，属突厥南室韦地。
唐朝时期，属西室韦地，受辖于室韦都督府。
辽朝时期，为契丹、乌古居地，受辖于上京道乌古敌烈统军司。
金朝时期，为塔塔儿居地，受辖于东北路招讨司。
蒙古太祖九年（1214年）后，为成吉思汗大弟哈布图·哈萨尔封地，设齐王府治，属岭北行省和林路。
明朝时期，为蒙古脱古斯帖木儿驻牧地，受辖于奴儿干指挥使司斡难河卫海剌儿千户所。
清朝初期，境内蒙古族归附清王朝，由黑龙江将军统辖。
康熙二十八年（1689年），受辖于呼伦贝尔总管。
雍正五年（1727年），呼伦贝尔总管在阿巴盖图设卡伦驻守。
雍正十二年（1734年），由新巴尔虎右翼四旗的镶红旗统领。
乾隆八年（1743年），受辖于呼伦贝尔副都统衔总管。
光绪六年（1880年），受辖于呼伦贝尔副都统。
光绪二十七年（1901年），在译写东清铁路火车站的站名时，将“达赉诺尔”音转为“扎赉诺尔”，后又以讹传讹将煤矿名、地区名叫成“扎赉诺尔”。
光绪三十四年（1908年），裁撤呼伦贝尔副都统，改设呼伦贝尔兵备道，扎赉诺尔地区归其管辖。
宣统元年（1909年）10月，设立胪滨府，扎赉诺尔被划为区，归胪滨府管辖。
民国元年（1912年）2月，陈巴尔虎总管车和扎率蒙俄联军攻陷胪滨府，归附“呼伦贝尔自治政府”，扎赉诺尔属之。
民国九年（1920年）8月，呼伦贝尔自治政府宣布取消“自治”，设胪滨县，扎赉诺尔受其管辖。
民国十九年（1930年）9月，扎赉诺尔设镇。
民国二十一年（1932年）6月，“满洲国”裁撤胪滨县，扎赉诺尔镇受辖于兴安北省驻满洲里办事处。
民国二十五年（1936年）1月，扎赉诺尔属新巴尔虎右翼旗。
民国二十八年（1939年），设扎赉诺尔街，属新巴尔虎右翼旗。
民国三十年（1941年），扎赉诺尔街从新巴尔虎右翼旗划出，直属兴安北省。
民国三十四年（1945年）1月，扎赉诺尔街改设为扎赉诺尔市，直属兴安北省；同年8月9日，苏军进驻扎赉诺尔，日伪扎赉诺尔市政权垮台；同年8月19日，苏军组织选举大会，成立扎赉诺尔市政府；同年10月1日，呼伦贝尔自治政府成立，扎赉诺尔市属之。
民国三十五年（1946年），中共西满军区护路军第三团接管扎赉诺尔市政府，建立人民政权。
民国三十七年（1948年）1月1日，呼伦贝尔地方政府取消自治，建立呼伦贝尔盟，隶属内蒙古自治区，扎赉诺尔市随之属内蒙古自治区；同年5月，扎赉诺尔市改称扎赉诺尔区，隶属呼伦贝尔盟。
民国三十八年（1949年）1月，扎赉诺尔区改称扎赉诺尔街，仍属呼伦贝尔盟；同4月，扎赉诺尔街并入满洲里市，称扎赉诺尔区。
1954年4月，扎赉诺尔区政府改称扎赉诺尔区人民政府，扎赉诺尔区隶属满洲里市。
195?月，扎赉诺尔区人民政府改称扎赉诺尔区人民被帷?/p>
1957年2月，扎赉诺尔区改为扎赉诺尔矿区，升格为县级建制。
1958年6月，撤销扎赉诺尔县级建制，同时撤销扎赉诺尔矿区人民委员会；同年10月9日，成立满洲里市人民委员会扎赉诺尔办事处和满洲里市红旗人民公社。
1960年6月，扎赉诺尔矿区人民公社成立，保留办事处，隶属满洲里市人民委员会。
1961年12月，内蒙古自治区党委批准成立扎赉诺尔矿区人民委员会，隶属满洲里市人民委员会。
1962年5月，满洲里市人民委员会批准成立扎赉诺尔矿区人民代表大会和扎赉诺尔矿区人民委员会，矿区人民委员会同时也是矿区城市人民公社，一个机构两块牌子；同年7月，扎赉诺尔矿区城市人民公社撤销。
1968年2月，成立扎赉诺尔矿区革命委员会，取代扎赉诺尔矿区人民委员会。
1969年8月，扎赉诺尔矿区随满洲里市划入黑龙江省。
1979年7月，扎赉诺尔矿区随满洲里市重新划归内蒙古自治区。
1980年7月，内蒙古自治区党委批准扎赉诺尔矿区恢复旗县级建制。
2004年2月，扎赉诺尔矿区改为扎赉诺尔区，由满洲里市代管。
2024年3月，扎赉诺尔矿区以呼伦贝尔市扎赉诺尔区备案，为县级行政区划建制，由满洲里市代管。
[22]2024年3月，内蒙古自治区第十一届党委常委会会议决定，扎赉诺尔区由呼伦贝尔市直接管理。