战国赵武灵王二十六年（前300年），区境是赵国九原（今麻池古城遗址）的辖境。
秦朝时期，区境属秦九原郡管辖，郡治九原县（今麻池古城，一说三顶账房古城，一说孟家梁古城）。
九原郡辖境相当于今巴彦淖尔市的临河区和五原县、今鄂尔多斯市的达拉特旗和杭锦旗[20]，以及今包头市九原区所辖范围。
西汉元朔二年（前127年），区境属五原郡管辖且是五原郡政治、经济中心，此前区境一度为匈奴辖境。
新朝（8—23年），改五原郡为获降郡，区境为获降郡所辖。
九原县为成平县、五原县为填河亭、固阳县为固阴县、临沃县为振武县。
东汉建武元年至建安二十年（25—215年），区境仍归五原郡管辖；建安二十年至建安二十四年（215—219年），区境为新兴郡管辖。
建安二十五年（220年），鲜卑拓跋部在首领力微率领下入居五原郡西晋，区境为鲜卑人牧地。
东晋时期，鲜卑人曾两度建国。
咸康四年至太元元年（338—376年），拓跋首领什翼键建立代国（所辖范围相当于今内蒙古中部和晋北地区），区境是代国的一部分。
太元十一年（386年），鲜卑拓跋建立北魏，定都盛乐（今呼和浩特市的和林格尔县北土城子），区境成为北魏辖地。
北魏延和元年（432年），拓跋焘在阴山设置六镇，以防柔然侵入，区境位于六镇之一怀朔镇的南部。
正光五年（524年），怀朔镇改为朔州，区境为朔州管辖。
隋开皇元年至五年（581—585年），区境为隋五原郡辖境。
之后，区境一直为突厥族的牧地。
唐景龙二年（708年）后，归唐关内道丰州中受降城（今敖陶窑子古城）管辖。
宋朝时期，区境大部归西夏（1032—1227年）黑山威福军司管辖。
元朝时期，区境归大同路云内州管辖。
明洪武元年至宣德十年（1368—1435年），区境归明东胜卫管辖。
宣德十年（1435年）至明亡，区境为蒙古土默特部的牧场。
清朝时期，区境分属土默特右翼旗、乌拉特前旗、乌拉特中旗、乌拉特后旗管辖。
同时，区境还先后受归化城（今呼和浩特旧城）、萨拉齐厅、五原厅节制。
境内出现一地二治、蒙汉分理的格局。
民国元年至十二年（1912—1923年），境内改厅为县，其余仍沿袭清朝建置。
民国十二年至十五年（1923—1926年），区境大部由包头设治局管辖，东部仍由萨拉齐县节制。
民国十五年至二十六年（1926一1937年），区境大部受包头县节制，最东部仍由萨拉齐县管辖。
民国二十六年至三十四年（1937一1945年），区境归日伪包头市和日伪萨拉齐县管辖。
民国三十四年（1945年）8月15日，日本无条件投降后，区境复归国民政府包头市政务委员会和萨拉齐县管辖。
民国三十五年（1946年），绥远省政府撤销包头市政务委员会，分设包头市和包头县。
民国三十五年（1946年）2月至1949年12月，区境分属包头市、包头县、萨拉齐县管辖。
1950年3月25日，区分属包头市、包头县、萨拉齐县管辖。
1953年，绥远省人民政府撤销包头县建置，设立包头市人民政府郊区临时工作委员会为包头市人民政府的派出机构。
同年10月5日，区境属包头市人民政府郊区临时工作委员会管辖，境内始单独设置。
1954年5月，包头市人政府郊区临时工作委员会被撤销，设立包头市人裾记ぷ魑被幔晕肥腥嗣裾呐沙龌埂?/p>
1957年1月16日，包头市人民政府郊区工作委员会被撤销，设立包头市郊区人民委员会，为一级政权机构。
1960年4月，包头市郊区建置被撤销，区境分属昆都仑区、青山区、东河区和石拐矿区管辖。
1963年5月1日，经内蒙古自治区人民委员会批准，恢复包头市郊区建置，设立包头市郊区人民委员会。
1968年2月，改称包头市郊区革命委员会。
1980年1月，撤销包头市郊区革命委员会，改称包头市郊区人民政府。
1999年8月10日，民政部批复同意将包头市郊区更名为包头市九原区。
2000年1月1日，包头市郊区正式改称包头市九原区。