商、周、春秋、战国时期，属豸岁貊族系生活地区。
秦、汉、三国时期，为夫余人属地。
南北朝时期，是北魏所属乌洛候人居住地。
隋、唐时期，属室韦。
辽朝时期，属上京道、东京道。
金朝时期，属上京路。
元朝时期，属辽阳行省开元路。
明朝时期，先属福余卫，后归奴儿干都司辖。
清康熙二十八年（1689年），设布特哈总管衙门，管理该地区事务。
光绪三十二年（1906年），以嫩江为界分设东、西布特哈，本旗为西布特哈。
民国四年（1915年），西布特哈地区筹建布西设治局，总管公署与设治局并存，由总管兼理政务。
民国十四年（1925年），将布西设治局址与总管公署迁至尼尔基街。
民国二十一年（1932年），成立伪满洲国傀儡政权，改布西设治局为莫力达瓦旗。
民国三十五年（1946年）1月，解放后成立布西旗，归嫩江省二行署管辖。
同年3月，又改称莫力达瓦旗，划归纳文慕仁盟管辖。
民国三十八年（1949年）4月，将巴彦旗并入莫力达瓦旗。
1958年8月15日，经国务院批准成立了莫力达瓦达斡尔族自治旗，实现了民族区域自治，归内蒙古自治区呼伦贝尔盟管辖。
1969年4月，划归黑龙江省大兴安岭地区领导。
1979年7月，划归内蒙古自治区，归呼伦贝尔市管辖。