康巴什，蒙古语意为“卓越的老师”。
夏朝时期，康巴什为熏育部落活动的地区。
商朝时期，为鬼方等部族的游牧之地。
西周时期，成为严狁之牧境。
春秋初期，被林胡等部族占据。
秦始皇三十二年（前215年），秦始皇派大将蒙恬领兵30万，北击匈奴，占据黄河以南地，区境全部属秦上郡。
秦末，匈奴又复南下，今区境为匈奴驻牧地。
汉武帝元朔二年（前127年），区境归汉所辖。
汉武帝元朔四年（前125年），设西河郡，区境属西河郡辖地。
东汉光武帝建武五年（29年），地方首领卢芳占据五原、朔方、云中、定襄、雁门等郡，区境属其所辖。
光武帝建武十六年（40年），卢芳北逃匈奴，区境复归东汉西河郡。
光武帝建武二十年（44年），南匈奴投靠汉王朝，区境并进入西河郡。
东汉永和五年（140年），西河郡治所由平定迁至离石，区境成为南匈奴牧地。
西晋元康五年（295年），鲜卑族拓跋猜卢出兵击败匈奴，今区境被拓跋部所据。
西晋永嘉四年（310年），匈奴铁弗部刘虎由晋北迁居境内，并归前赵，今区境成为前赵辖地。
后赵石勒元年（319年），今区境属后赵朔州地。
前秦建元元年（365年），今区境为前秦所辖。
北魏登国六年（391年），今区境归北魏所辖，后为后秦辖地。
北魏天赐四年（407年），今区境为赫连勃勃大夏幽州代来城辖地。
北魏始光四年（427年），今区境复魏。
北魏孝文帝太和十一年（487年），北魏置夏州，今区归北魏统辖。
北魏永熙三年（534年），北魏分裂为东魏和西魏，今区境属西魏夏州化政郡。
北周孝闵帝元年（557年），西魏被北周取代，今区境属北周夏州弘化郡。
隋开皇三年（583年），境内属其管辖。
隋开皇七年（587年），置榆林县，今区境东部为云州榆林县辖地。
隋开皇十年（590年），置富昌县，今区境为云州富昌县所辖。
隋开皇二十年（600年），隋划云州的榆林、富昌、金河3县设置胜州，今区境属胜州富昌县。
隋大业三年（607年），改胜州为榆林郡，今区境属榆林郡富昌县。
唐贞观三年（629年），今区境属胜州。
唐天宝元年（742年），将胜州改为榆林郡，辖榆林、河滨2县，今区境属河滨县。
唐乾元元年（758年），将榆林郡复改为胜州，今区境属胜州河滨县。
辽神册元年（916年），今区境东部归契丹所有。
宋景德二年（1005年），今区境西部属于党项领有的夏州。
西夏元德八年（1126年），今区境全部为西夏所据。
蒙古（元）太祖二十一年（1226年），成吉思汗亲自率军征伐西夏，今区境为蒙古辖地。
元至元八年（1271年），蒙古改国号为元，今区境属元中书省河东山西道宣慰司大同路东胜州。
明洪武四年（1371年），今区境属五花城千户所。
明洪武二十五年（1392年），今区境为东胜右卫辖地。
明永乐元年（1403年），今区境被蒙古部所据。
后金（清）天聪九年（1635年），今区境为后金藩属地。
清顺治六年（1649年），清廷由六个旗组建伊克昭盟，今区境大部属于其中的鄂尔多斯左翼中旗（郡王旗）扎萨克牧地。
清乾隆元年（173辏游谏笃旖逄钠矫穹治鏊漳，划拨土地，组成鄂尔多斯右翼前末旗（即札萨克旗），今区境（哈巴格希）归属札萨克旗?/p>
民国时期，清廷对待蒙古实行的种种政策继续生效，今区境属伊克昭盟郡王旗第六保和第七保管辖。
1949年10月1日，中华人民共和国成立后，今区境属伊克昭盟郡王旗二区、三区管理。
1958年，郡王旗与扎萨克旗合并为伊金霍洛旗，康巴什和红海子乡合并成立先锋人民公社。
1959年，伊金霍洛旗调整人民公社范围，先锋人民公社改称为红海子人民公社。
2000年12月，经内蒙古自治区人民政府批准，在哈巴格希乡境内成立自治区级经济技术开发区—青春山经济技术开发区。
2001年1月，成立伊克昭盟青春山经济技术开发区管理委员会，为盟公署派出机构，正处级单位。
2001年4月，伊克昭盟经国务院批准，撤盟设鄂尔多斯市，哈巴格希乡仍归属伊金霍洛旗。
2001年9月，随撤盟设市，伊克昭盟青春山经济技术开发区更名为鄂尔多斯市青春山经济技术开发区。
2003年7月，经内蒙古自治区人民政府批准，将伊金霍洛旗的哈巴格希乡整建制划入东胜区管辖。
2004年4月，经内蒙古自治区人民政府批准，鄂尔多斯市青春山经济技术开发区更名为鄂尔多斯市东胜康巴什新区，鄂尔多斯市青春山经济技术开发区管理委员会相应更名为鄂尔多斯市东胜康巴什新区管理委员会。
2006年7月，鄂尔多斯市人民政府迁址入驻康巴什新区。
2008年6月，鄂尔多斯市人民政府同意将东胜康巴什新区管理体制比照旗区对待。
2008年9月，鄂尔多斯市人民政府批准将东胜康巴什新区更名为康巴什新区。
2008年12月，鄂尔多斯市人民政府第八次常务会议纪要明确将东胜区哈巴格希乡整建制交由康巴什新区代管，康巴什新区与伊金霍洛旗暂以乌兰木伦河为界。
2024年6月8日，国务院正式批准设立鄂尔多斯市康巴什区，成为内蒙古自治区第103个县级行政区。
2024年12月12日，鄂尔多斯市康巴什区人民政府正式挂牌成立。